Les protéines végétales interagissent également avec d'autres nutriments, ce qui peut être confondu avec des carences inexpliquées. Par exemple, une plante peut sembler manquer de calcium alors que le problème réel est une diminution de l'oxygénation des racines et un ralentissement du transport du calcium. Les problèmes de calcium se manifestent souvent par une croissance anormale des nouvelles pousses, des brûlures des extrémités ou des problèmes de nécrose apicale chez les plantes fruitières. Ces symptômes peuvent apparaître lorsque les racines sont stressées, même si le substrat contient suffisamment de calcium. De même, des symptômes de déséquilibre potassique, comme des brûlures marginales, peuvent apparaître lorsque l'absorption globale est perturbée. En ce qui concerne les protéines végétales, il est judicieux de considérer d'abord la fonction racinaire : si les racines sont affaiblies, les feuilles paraîtront carencées, même dans un substrat riche.
Il est également important de comprendre ce que les protéines végétales ne sont pas. Elles ne constituent pas un engrais complet car elles ne fournissent pas systématiquement l'ensemble des minéraux essentiels dans des proportions prévisibles. Elles peuvent apporter de l'azote et des traces d'autres éléments selon leur origine, mais les plantes ont toujours besoin de ces nutriments essentiels sous forme minérale, présents dans leur organisme. Si l'on dépend des protéines végétales comme principale source de nutriments, une véritable carence peut se développer à terme. Les signes de carence se manifesteront alors par un sous-dosage général : feuilles âgées pâles, croissance ralentie, tiges fines et faible vigueur générale. Dans ce cas, les protéines végétales ne sont pas défaillantes ; elles sont simplement sollicitées pour une fonction pour laquelle elles ne sont pas conçues.
On confond souvent « stimulation biologique » et « apport nutritionnel accru ». Dans un sol vivant, les protéines végétales peuvent libérer les éléments nutritifs déjà présents, mais dans un substrat inerte ou appauvri, il y a souvent peu à libérer. C'est pourquoi deux cultivateurs peuvent utiliser le même ingrédient et obtenir des résultats différents. Dans un sol riche en compost, les protéines végétales peuvent amplifier le cycle microbien et donner un coup de pouce à la croissance. Dans un substrat stérile ou fortement lessivé, elles n'apporteront qu'un faible apport d'azote et peu d'autres nutriments. Si la plante se redresse brièvement puis dépérit à nouveau, cela signifie souvent que les minéraux essentiels sont absents ou que l'environnement racinaire est instable.
On obtient généralement de meilleurs résultats en utilisant les protéines végétales pour favoriser un système racinaire stable plutôt que pour stimuler une croissance aérienne rapide. Les plantes se développent mieux lorsque leurs racines et leurs parties aériennes se développent de concert. Si la partie aérienne pousse plus vite que le système racinaire ne peut lui fournir l'eau et les minéraux nécessaires, la plante devient sensible à la chaleur, aux parasites et aux moindres erreurs d'arrosage. L'avantage des protéines végétales réside dans leur capacité à induire un rythme de croissance plus régulier, notamment lorsque les plantes développent leurs racines, se remettent d'un stress ou amorcent une phase de croissance plus vigoureuse. Un plant de poivron qui pousse lentement mais régulièrement, avec de nouvelles feuilles saines et un espacement régulier entre les nœuds, est souvent plus robuste qu'un plant qui connaît une croissance rapide et instable suivie d'un effondrement.
La qualité et le procédé de fabrication sont importants car l'appellation « protéines végétales » peut varier d'une étiquette à l'autre. Certaines formes sont plus hydrolysées et solubles, tandis que d'autres se rapprochent davantage d'une farine ou d'un extrait brut. Une forme plus soluble agit généralement plus rapidement, mais présente aussi un risque accru de formation de mousse et de prolifération microbienne en milieu chaud et pauvre en oxygène. Une forme moins soluble agit généralement plus lentement et est parfois plus tolérante, mais les résultats visibles peuvent être plus longs à apparaître. Si l'ingrédient se dissout facilement et dégage une légère odeur de fermentation, il est plus probable qu'il soit biologiquement actif et doit être utilisé comme tel.
Enfin, la conservation et la fraîcheur influencent le comportement des protéines végétales. Étant organiques, elles peuvent se détériorer si elles absorbent l'humidité ou sont exposées à la chaleur. Les protéines altérées dégagent souvent une odeur forte et désagréable, forment des grumeaux importants ou produisent une mousse et un film excessifs lorsqu'elles sont mélangées à l'eau. Au niveau des racines, cela peut entraîner des fluctuations microbiennes plus importantes et un risque accru de formation de zones anaérobies. Les protéines végétales fraîches et bien conservées ont généralement une odeur plus douce, végétale ou levurée, et un comportement plus prévisible. Lorsque l'ingrédient est propre et que la zone racinaire est bien aérée, les protéines végétales constituent un atout précieux et doux pour une croissance plus saine et une meilleure récupération après un stress.