Bien que la pierre ponce soit simple à utiliser, elle peut néanmoins engendrer des déséquilibres et des problèmes si le mélange global n'est pas adapté. Le problème le plus fréquent est l'utilisation d'une quantité insuffisante de pierre ponce pour obtenir un résultat significatif, ce qui maintient le substrat détrempé et le stress racinaire. L'autre problème courant est l'utilisation d'une quantité excessive de pierre ponce dans un petit pot, le substrat retenant alors trop peu d'eau pour les besoins de la plante, ce qui entraîne un dessèchement rapide et un flétrissement fréquent. Dans les deux cas, le problème ne vient pas de la pierre ponce elle-même, mais d'une inadéquation entre la structure des particules, la taille du pot et les habitudes d'arrosage.
On peut repérer les problèmes d'oxygénation de la zone racinaire en observant l'évolution des symptômes. Une plante qui reste molle avec un sol détrempé, un pot lourd pendant plusieurs jours, une odeur aigre ou de marécage, des infestations de moucherons du terreau et des feuilles qui jaunissent de la base vers le haut sont autant de signes d'une zone racinaire trop humide et mal aérée. Dans ce cas, les racines brunissent ou noircissent souvent, deviennent molles et perdent leurs radicelles. La pierre ponce ne guérit pas les racines déjà pourries, mais c'est un excellent outil de prévention lorsqu'on renouvelle le substrat et qu'on améliore sa structure.
Vous pouvez également repérer le problème inverse : un mélange trop grossier pour vos besoins. Si la plante flétrit rapidement après l’arrosage, si sa partie aérienne paraît fine et chétive malgré un apport régulier d’engrais, ou si le pot semble sécher en une journée dans une pièce fraîche, le mélange draine peut-être trop vite par rapport à la taille du pot et à la masse racinaire. Dans ce cas, la pierre ponce peut toujours faire partie du mélange, mais il faut l’équilibrer avec des matériaux retenant l’eau et adapter la fréquence d’arrosage. L’objectif n’est pas un drainage maximal, mais une humidité constante et une bonne oxygénation.
Comme la pierre ponce ne nourrit pas les plantes, on peut parfois la confondre avec une carence lorsque la croissance s'améliore et que la plante commence à avoir besoin de plus de nutriments. Une plante aux racines plus saines pousse souvent plus vite, et cette croissance accélérée peut révéler un apport insuffisant en nutriments ou en minéraux. Si vous ajoutez de la pierre ponce, que les racines s'améliorent, puis que les nouvelles feuilles paraissent pâles, il ne s'agit peut-être pas d'un « vol de nutriments » par la pierre ponce. Il se peut que la plante soit enfin capable d'utiliser efficacement les nutriments et qu'elle dépasse désormais les ressources disponibles. C'est une différence importante avec les amendements qui fixent activement les nutriments. La pierre ponce modifie principalement la structure du sol, et non sa composition chimique.
Un autre problème récurrent est un arrosage irrégulier. Dans un substrat compact, on peut arroser moins souvent car il reste humide plus longtemps, mais il risque tout de même de manquer d'oxygène pour une hydratation optimale. Dans un substrat riche en pierre ponce, il faudra peut-être arroser un peu plus fréquemment, mais les racines se porteront mieux entre les arrosages. Si vous conservez le même rythme d'arrosage qu'auparavant sans vérifier l'humidité du substrat, vous risquez de laisser ce dernier se dessécher complètement, compte tenu du stade de développement de la plante. La solution ? Arroser en fonction du degré d'humidité réel du substrat, et non selon un calendrier précis.