Le compost favorise également la nutrition du sol en améliorant la minéralisation microbienne. Les microbes ne se contentent pas d'exister dans le sol ; ils y travaillent activement. Ils décomposent les composés organiques et libèrent progressivement les nutriments. Le compost leur fournit nourriture et habitat, et, s'il est bien réalisé, il introduit une communauté diversifiée de décomposeurs. Cette activité microbienne peut contribuer à libérer des nutriments présents dans le sol mais difficilement assimilables par les plantes. Ce n'est ni magique, ni instantané, mais son effet est puissant sur le long terme.
Le compost, grâce à son action biologique et structurale, se distingue des autres matières organiques similaires. Les matières organiques fraîches sont souvent utilisées comme paillis, mais leur décomposition est encore très active. Cela peut fixer l'azote et créer des zones de décomposition inégales. Le fumier peut être riche, mais aussi concentré, salé ou de consistance variable selon sa provenance et son ancienneté. Le lombricompost est également stabilisé, mais il est généralement plus concentré, plus fin et souvent utilisé en plus petites quantités. Le compost offre un équilibre idéal : il améliore l'environnement racinaire dans son ensemble, et pas seulement la teneur en nutriments. Il s'agit davantage de construire le système que de fournir un apport ponctuel.
La qualité du compost est primordiale. Deux composts peuvent se ressembler et pourtant se comporter de manière totalement différente. Un bon compost dégage une odeur de terre et de propre, comme la terre forestière. Un compost de mauvaise qualité a une odeur aigre, de pourrissement, d'ammoniaque ou une forte odeur de fermentation. Un bon compost a une apparence uniforme et foncée, sans résidus frais apparents. Un compost de mauvaise qualité peut contenir des morceaux de nourriture reconnaissables, des amas visqueux ou beaucoup de bois pointu non décomposé. Un bon compost est friable et humide au toucher, mais pas détrempé. Un compost de mauvaise qualité peut être gras, collant, poussiéreux ou excessivement humide.
Le compost mûr doit être biologiquement mature. Un compost immature est une source fréquente de problèmes pour les jardiniers débutants, car il peut continuer à se décomposer dans le pot ou la plate-bande. Lorsque la décomposition se poursuit, les micro-organismes consomment l'azote et l'oxygène disponibles, ce qui affaiblit les racines. En pot, un compost immature peut entraîner une zone racinaire « acide », constamment humide et malodorante. En pleine terre, il peut provoquer une croissance irrégulière, des feuilles pâles ou des plantes qui stagnent malgré un sol apparemment riche. C'est pourquoi la maturité du compost est plus importante que son origine « biologique », « naturelle » ou « locale ». La plante ne se soucie pas des étiquettes ; ce qui compte pour elle, c'est l'action du compost sur ses racines.