Il est également important de savoir que toutes les plantes ne forment pas de symbioses mycorhiziennes arbusculaires. Beaucoup le font, notamment une grande variété de légumes, d'herbes aromatiques, de plantes fruitières, de plantes ornementales et de plantes d'intérieur. Cependant, certaines familles de plantes sont peu compatibles ou ne forment pas du tout ce type de relation. Un exemple courant est celui des choux et des moutardes, qui ne forment généralement pas de mycorhizes arbusculaires. Si un producteur utilise Rhizophagus intraradices sur une culture incompatible, l'absence d'effet n'est pas due à un défaut du produit, mais à une incompatibilité biologique. C'est une autre raison pour laquelle ce sujet est unique : l'organisme peut être utile, mais seulement si la plante hôte est consentante.
Voyons maintenant comment repérer l'efficacité de Rhizophagus intraradices et comment déceler son dysfonctionnement. La méthode la plus fiable est la confirmation en laboratoire : les racines sont colorées et examinées au microscope pour observer les structures mycorhiziennes à l'intérieur. La plupart des producteurs ne procèdent pas systématiquement à cet examen, l'observation pratique est donc essentielle. Parmi les signes d'une symbiose bénéfique, on note une croissance plus régulière et moins irrégulière, une meilleure performance après transplantation, une meilleure tolérance à une sécheresse modérée et une diminution des symptômes de carence en conditions difficiles. Par exemple, si une plante présente habituellement une carence précoce en phosphore dans un substrat frais et humide, et qu'après colonisation, elle conserve une meilleure croissance et une couleur de feuillage plus intense sans augmentation de la fertilisation, cela peut indiquer un meilleur accès au phosphore.
Un autre signe indirect est une meilleure exploration et une densité racinaire accrue. Bien que les hyphes fongiques ne soient pas facilement visibles, vous remarquerez peut-être que les plantes « remplissent » leur contenant plus rapidement, développent un réseau de radicelles plus étendu ou présentent un ancrage plus solide. Dans certains cas, les plantes paraissent plus turgescentes et stables, surtout aux heures les plus chaudes de la journée, ce qui peut indiquer un meilleur accès à l'eau. Gardez à l'esprit que ces signes ne constituent pas une preuve formelle, mais ils sont cohérents avec le fonctionnement des mycorhizes arbusculaires.
À l'inverse, si Rhizophagus intraradices ne colonise pas la plante, aucun changement ne sera visible. Cependant, il arrive aussi que l'échec soit dû à une carence en nutriments. Si un cultivateur compte sur les mycorhizes pour compenser une nutrition adéquate, les plantes risquent d'être sous-alimentées. Les mycorhizes améliorent l'accès aux nutriments, mais ne les créent pas ex nihilo. Si le substrat est réellement appauvri, ou si la plante reçoit une quantité insuffisante d'un nutriment essentiel, le champignon ne pourra pas pallier cette carence. Un exemple typique est celui d'une plante cultivée dans un substrat inerte extrêmement pauvre en nutriments. Même en présence de mycorhizes, la plante peut présenter des feuilles pâles, une croissance lente et des tiges faibles, faute de nutriments suffisants.
Une autre situation fréquente se produit lorsque des concentrations élevées de sel ou des programmes de fertilisation trop agressifs endommagent l'extrémité des racines. Les mycorhizes ont besoin de tissus racinaires vivants pour bien fonctionner. Si les racines sont brûlées de façon répétée, la colonisation peut être interrompue. La plante peut présenter des brûlures à l'extrémité des feuilles, des enroulements ou un noircissement important, sans que le producteur ne constate aucun « effet mycorhizien ». Dans ce cas, le problème ne vient pas du champignon, mais de l'environnement racinaire.