Un problème courant lié à la matière organique est le compactage du substrat au fil du temps. Les particules organiques peuvent s'affaisser en se décomposant, réduisant ainsi la porosité et limitant la circulation de l'air. Cela peut entraîner une zone racinaire initialement aérée qui devient dense et gorgée d'eau par la suite. Les plantes dont la zone racinaire est compactée présentent souvent une croissance plus lente, une couleur terne et une tendance au flétrissement par temps chaud, même lorsque le pot est humide, car les racines ne peuvent absorber l'eau efficacement sans oxygène. Si vous constatez que vos pots restent lourds plus longtemps qu'auparavant, le compactage est une cause probable.
Un autre problème fréquent est la répartition inégale de l'humidité due à des zones sèches. Certains matériaux organiques, une fois desséchés, peuvent résister à l'humidité et créer des canaux où l'eau s'écoule sans imbiber toute la zone racinaire. Cela engendre un mélange déroutant de symptômes : certaines parties de la plante semblent avoir soif tandis que d'autres paraissent trop arrosées. On pourrait être tenté d'arroser davantage pour compenser ce « soif », mais cela risque d'aggraver les zones humides et de priver les racines d'oxygène. Si l'eau ruisselle rapidement et que le pot reste léger par endroits, il est probable que l'humidité soit inégale.
Les matières organiques peuvent également créer un déséquilibre nutritionnel lorsque leur libération ne correspond pas aux besoins de la plante. En début de croissance, une plante peut n'avoir que peu de besoins, mais plus tard, elle peut nécessiter un apport constant que la zone racinaire ne peut assurer si le cycle des nutriments est lent. Cela peut se manifester par un jaunissement progressif, une réduction de la taille des feuilles et un développement ralenti des branches, même si l'environnement est par ailleurs optimal. Dans ces cas-là, le problème ne réside pas dans la mauvaise qualité des matières organiques, mais dans le fait que le système ne libère ou ne transporte pas les nutriments au rythme requis par la plante.
On observe également un déséquilibre lorsque les composants organiques rendent la zone racinaire trop humide et froide. Ces conditions fraîches et saturées ralentissent l'activité microbienne et réduisent simultanément la fonction racinaire, ce qui constitue un double préjudice. Les plantes réagissent par une croissance ralentie, des feuilles sombres et ternes, une faible absorption des nutriments, parfois accompagnées d'un jaunissement localisé pouvant évoquer des carences. Si le substrat dégage une odeur aigre ou stagnante, c'est un signe d'alerte indiquant une décomposition en manque d'oxygène. Un système organique sain dégage une odeur de terre, et non une odeur âcre ou de pourriture.
Un bon équilibre des composants organiques se manifeste généralement par une croissance régulière et prévisible, et par des variations moins importantes. Les feuilles conservent une posture constante tout au long de la journée, leur couleur reste uniforme et la plante retrouve rapidement sa vigueur après l'arrosage. Le substrat sèche de façon rythmée, sans rester humide trop longtemps ni sécher trop vite. Ce sont des signes que les composants organiques soutiennent simultanément la structure, l'hydratation et la vie de la plante. Lorsque ces trois éléments agissent de concert, l'absorption des nutriments est plus homogène et moins irrégulière.