Un surdosage et un déséquilibre peuvent survenir avec les engrais organiques, mais différemment de ce que pensent souvent les jardiniers débutants. Les nutriments organiques étant souvent libérés lentement, il est facile de surdoser les apports sans constater de changement immédiat. Par la suite, la plante peut recevoir plus d'azote que nécessaire. Les signes d'un excès d'azote incluent des feuilles vert foncé, une forme de griffe tombante, des tissus plus mous et une floraison plus lente, car la plante continue de privilégier la croissance du feuillage.
L'accumulation de sels est souvent évoquée avec les engrais à action rapide, mais même les engrais organiques peuvent y contribuer au fil du temps dans les contenants, surtout si l'arrosage est insuffisant ou si le substrat sèche et concentre les minéraux. Les plantes peuvent alors présenter des pointes brûlées, une croissance ralentie ou des dommages aléatoires sur le bord des feuilles. La zone racinaire peut se croûter ou paraître plus lourde. La solution consiste généralement à améliorer l'arrosage, à arroser plus abondamment de temps en temps pour éliminer l'excès d'eau et à espacer les apports d'engrais plutôt que de procéder à des arrosages d'appoint constants.
Un autre déséquilibre survient lorsque la zone racinaire est riche en un nutriment tandis qu'un autre en est carencé. Cela peut se produire si l'on utilise de manière excessive un type d'engrais organique plus riche en azote ou en phosphore, et que l'on répète l'opération sans tenir compte du stade de développement de la plante. La plante peut alors paraître à la fois sombre et faible, ou présenter des symptômes foliaires inhabituels qui ne correspondent pas à un simple tableau de carences. Un exemple courant est un apport excessif d'azote chez les plantes à fleurs, ce qui peut entraîner une forte croissance des feuilles, mais une floraison moins abondante et une altération de l'arôme ou de la saveur chez de nombreuses cultures.
Les engrais organiques peuvent modifier le pH de la zone racinaire au fil du temps, en fonction de leur composition et de la biologie des plantes. Si le pH s'écarte de la plage optimale, l'absorption des nutriments devient inégale. La plante peut alors présenter divers symptômes, comme des nouvelles pousses pâles tandis que les feuilles plus anciennes restent foncées, ou des taches persistantes qui ne disparaissent pas. Même sans mesurer le pH, il est possible d'observer des tendances : si le même problème persiste malgré une fertilisation régulière et un arrosage adéquat, la composition chimique de la zone racinaire est peut-être altérée et nécessite un ajustement par une meilleure aération, des apports équilibrés et en évitant le surdosage.
L'odeur et la croissance en surface peuvent fournir des indices. Une zone racinaire saine, riche en nutriments, peut dégager une odeur de terre, tandis que des odeurs acides ou de pourriture indiquent des conditions anaérobies, susceptibles d'empêcher l'absorption des nutriments et d'affaiblir les racines. Si vous observez une humidité persistante, des surfaces visqueuses ou une infestation de moucherons du terreau, cela ne signifie pas forcément que l'engrais est de mauvaise qualité, mais plutôt que la zone racinaire est trop humide ou trop riche. Dans ce cas, la plante peut paraître carencée car ses racines sont stressées, même en présence de nutriments.
Lorsque l'engrais organique fonctionne correctement, les plantes présentent généralement un rythme régulier : apparition constante de nouvelles feuilles, consommation d'eau prévisible et amélioration progressive de la couleur et de la structure. En revanche, lorsqu'il ne fonctionne pas correctement, les plantes ont souvent un aspect irrégulier : elles reprennent de la vigueur après l'arrosage puis stagnent, ou semblent souffrir de la faim même après avoir reçu de l'engrais. Cette irrégularité constitue une différence majeure avec les systèmes où les nutriments sont apportés directement et immédiatement.