Un exemple flagrant est celui d'une bouture placée dans un substrat constamment humide. La bouture peut paraître en bonne santé pendant quelques jours, puis se flétrir soudainement ou devenir molle à la base. Ce n'est généralement pas dû à un manque de signal d'enracinement, mais plutôt à une carence en oxygène et à une pression microbienne. L'AIB est inefficace dans un environnement propice à la pourriture. En fait, si les tissus de la base sont déjà endommagés, tout apport supplémentaire de facteur de croissance peut parfois aggraver la situation en incitant les cellules à se diviser dans une zone fragilisée et vulnérable aux infections.
Un autre exemple est la faible humidité. Une bouture placée dans un air sec peut perdre de l'eau plus vite qu'elle ne peut la reconstituer. Elle flétrit, et une fois qu'elle est fortement flétrie, la formation des racines ralentit ou s'arrête souvent car la plante est en mode de survie. Même si le signal d'enracinement est présent, la bouture se concentre sur sa survie. C'est pourquoi, en matière de propagation, le contrôle de l'humidité et la gestion du feuillage sont souvent primordiaux. Certains cultivateurs réduisent la surface foliaire pour que la bouture perde moins d'eau. Cela peut aider, mais couper trop de feuilles peut aussi réduire sa capacité à produire de l'énergie. La meilleure approche consiste à trouver un équilibre : suffisamment de feuillage pour maintenir la bouture en vie et produire de l'énergie, mais pas trop pour éviter qu'elle ne se dessèche avant l'enracinement.
Il est également important de savoir reconnaître un enracinement sain et précoce afin de repérer rapidement les problèmes. Après le prélèvement d'une bouture, celle-ci doit être ferme et stable. Elle ne doit pas s'affaisser. Les feuilles peuvent paraître légèrement moins vigoureuses pendant une journée, mais elles ne doivent pas être tombantes de façon prolongée. La base de la tige doit rester propre, non visqueuse, ni foncée et molle. Avec le temps, vous pourrez observer un léger gonflement au niveau des nœuds près de la base ou de petites protubérances blanches qui deviendront des racines. Vous pourrez également voir de fines racines blanches émerger de la coupe ou des nœuds situés juste au-dessus. Ces jeunes racines doivent être propres et brillantes, non brunes, non visqueuses et non cassées.
Un déséquilibre fréquent est la croissance aérienne prématurée de la bouture. Il arrive qu'une bouture reste verte, voire se développe légèrement, mais sans presque aucune racine. Cela peut se produire lorsque la bouture est exposée à une lumière trop intense ou lorsque l'environnement favorise la croissance des feuilles au détriment de celle des racines. Cela peut également arriver si la bouture provient d'une plante déjà en pleine croissance, émettant de nombreux signaux internes stimulant la croissance des pousses. Dans ce cas, la bouture peut tenter de développer ses feuilles avant que son système racinaire ne soit suffisamment développé pour les soutenir, ce qui entraîne ensuite un épuisement de sa croissance. La solution réside généralement dans l'environnement : réduire l'intensité lumineuse, stabiliser l'humidité et maintenir une température favorable à la croissance des racines, et non seulement des feuilles.
D'un autre côté, une bouture peut rester immobile et ne rien faire. Pas de racines, pas de nouvelle croissance, juste un lent déclin. C'est souvent le signe d'un stress ou d'une mauvaise qualité de la bouture. Elle a peut-être été prélevée trop tard, lorsque les tissus étaient trop ligneux, ou trop tôt, lorsqu'ils étaient trop mous et se détérioraient facilement. Il se peut aussi que la plante mère ait souffert de carences ou de déshydratation, ce qui aurait réduit les réserves de la bouture. Enfin, il est possible que l'extrémité coupée de la bouture ait séché avant d'être placée dans un milieu d'enracinement. Une extrémité sèche peut se refermer et rendre l'initiation racinaire plus difficile, comme si elle formait une barrière. L'AIB est plus efficace lorsque les tissus sont frais et réactifs.