L'eau oxygénée étant réactive, son efficacité dépend souvent de sa concentration, de sa fréquence d'utilisation et du moment de son application. Le surdosage est une erreur fréquente, surtout avec les solutions de qualité alimentaire, bien plus concentrées que la solution à 3 % couramment utilisée. Une concentration trop élevée ou une utilisation trop fréquente peuvent endommager les radicelles, responsables de l'absorption des nutriments et de l'eau par la plante. Si ces radicelles sont brûlées, la plante risque de se détériorer avant de se rétablir, voire de ne jamais s'en remettre complètement. Un surdosage peut également endommager le feuillage au contact d'une solution concentrée, provoquant des taches, des zones décolorées ou un aspect légèrement brûlé, mais de façon irrégulière, là où les gouttelettes se sont déposées.
Il existe aussi des « déséquilibres » subtils que le peroxyde d'hydrogène peut créer, même sans brûlure visible. L'un d'eux est l'instabilité biologique. Si la zone racinaire dépend de micro-organismes bénéfiques pour la transformation des nutriments, la protection des racines et le développement de leur résistance, le peroxyde d'hydrogène peut perturber ces populations de manière répétée. Il en résulte une zone racinaire qui ne se stabilise jamais : elle paraît propre un instant, puis redevient visqueuse, faute d'une communauté microbienne saine pour occuper l'espace et se développer. Un autre problème est celui de la fausse confiance : le cultivateur constate une amélioration rapide, pense que le problème racinaire est résolu et maintient les mêmes conditions qui ont causé le stress, comme une eau chaude, une mauvaise aération ou un substrat constamment saturé. Le problème réapparaît alors, souvent plus grave, car les racines de la plante ont été soumises à un stress répété.
Comment repérer un surdosage de peroxyde d'hydrogène ou un déséquilibre ? Commencez par observer les racines et leur vitesse de récupération. Si elles blanchissent tout en paraissant plus fines, cassantes ou « rasées », cela peut indiquer que leur surface externe est endommagée, en plus du mucus. Si la croissance de nouvelles racines s'arrête après le traitement, c'est un signe d'alerte. Examinez également la partie aérienne. Si les feuilles deviennent ternes, perdent leur brillance ou présentent de minuscules points blanchis peu après un traitement, il est probable qu'elles aient subi des dommages par contact. Si la plante absorbe soudainement moins d'eau que d'habitude, cela peut indiquer un déclin de la fonction racinaire. Un autre indice est la répétition des traitements : le système semble propre juste après une dose, puis un nouveau film se forme rapidement, obligeant le cultivateur à renouveler le traitement de plus en plus souvent. Ce schéma signale généralement un problème environnemental au niveau des racines, et non un manque de peroxyde.
Il est également important de comprendre ce que le peroxyde d'hydrogène n'est pas. Ce n'est pas un système d'oxygénation à long terme. Pour maintenir un taux d'oxygène dissous élevé et constant, il est généralement nécessaire de contrôler la température, d'assurer une bonne circulation de l'eau et de procéder à une aération ou un drainage adéquat. Le peroxyde d'hydrogène libère brièvement de l'oxygène lors de sa décomposition, mais ce taux ne reste pas élevé longtemps, surtout dans une eau chaude et biologiquement active. Ce n'est pas non plus un engrais. Il n'apporte ni azote, ni phosphore, ni potassium, ni calcium, ni oligo-éléments, et ne peut pas, à lui seul, corriger une véritable carence en nutriments. Si une plante jaunit par manque d'azote, le peroxyde d'hydrogène ne lui en fournira pas. Il peut améliorer temporairement le fonctionnement des racines afin que la plante puisse mieux absorber les nutriments déjà présents, mais si le nutriment est absent, la carence persiste.