Cela dit, la roche calcaire n'est pas toujours bénéfique. Du fait de sa résistance à l'acidité, elle peut entraîner une hausse du pH au niveau des racines si d'autres facteurs tendent également à augmenter ce pH. Si l'eau d'irrigation est déjà alcaline, ou si le programme de fertilisation a tendance à faire grimper le pH, la roche calcaire peut compliquer la gestion du pH. Une zone racinaire trop alcaline peut réduire la disponibilité du fer, du manganèse, du zinc, du cuivre et parfois du phosphore. La plante peut disposer de ces nutriments en abondance, mais elle ne peut pas les assimiler efficacement car la roche calcaire les bloque. Dans ce cas, le même effet tampon qui était utile devient un problème, non pas parce que la roche calcaire est « mauvaise », mais parce qu'elle remplit précisément sa fonction : empêcher l'acidification du milieu.
Pour utiliser judicieusement la calcerie, les nouveaux producteurs devraient privilégier l'observation et la constance plutôt que de forcer le système. Il est important de partir du principe que la calcerie est plus efficace lorsque les autres intrants sont déjà bien équilibrés. Si l'humidité, la concentration d'engrais et le pH restent stables et adaptés à la culture, la calcerie contribue à la stabilité du système. En revanche, si les intrants font déjà grimper le pH trop haut, la calcerie peut accentuer cette stabilité de manière néfaste. La stabilité n'est bénéfique que si elle maintient le système dans une plage optimale.
L'une des compétences les plus importantes pour la gestion de la roche calcaire dans un substrat de laine de roche est la capacité à repérer les premiers signes de déséquilibre au niveau des racines. La roche calcaire influençant le pH et la teneur en calcium, les problèmes les plus fréquents concernent soit une augmentation excessive du pH au fil du temps, soit des déséquilibres liés au calcium qui se manifestent dans les nouvelles pousses. Cette distinction est cruciale car les solutions diffèrent. Un problème de pH relève principalement d'un problème de chimie et de disponibilité des éléments nutritifs. Un problème de calcium, quant à lui, est souvent lié à l'apport et au transport de ces éléments et peut être influencé par l'environnement et les habitudes d'arrosage, et pas seulement par la solution nutritive.
Si le pH devient trop élevé, les premiers signes peuvent ressembler à une carence en micronutriments, même avec une fertilisation correcte. Les feuilles peuvent devenir d'un vert plus clair que prévu, et les jeunes pousses peuvent présenter une chlorose interveinale : le tissu entre les nervures pâlit tandis que les nervures restent plus vertes. Les problèmes liés au fer apparaissent souvent d'abord sur les jeunes feuilles, qui peuvent paraître délavées, citronnées ou pâles, surtout sous une forte lumière. Les carences en manganèse et en zinc peuvent également se manifester par une coloration irrégulière des jeunes feuilles. Dans un substrat de laine de roche avec de la craie, ces signes peuvent se développer progressivement plutôt que soudainement, car l'effet tampon ralentit les variations. Cela peut induire en erreur les cultivateurs débutants, qui pourraient croire que la plante est simplement « lente » ou que le problème vient de l'intensité lumineuse, alors que le pH de la zone racinaire augmente discrètement.